PubMed-opas

PubMed on laaja hakupalvelu, jota ylläpitää Yhdysvaltain National Library of Medicine. 

PubMed on käyttöliittymä MEDLINE-tietokantaan ja sisältää lisäksi viitteitä muista lääketieteen ja lähialojen lehdistä sekä e-kirjoista. 

PubMedissä on viitteitä kaikkialla maailmassa monilla eri kielillä ilmestyvistä lehdistä, mutta tietokanta on englanninkielinen. 

PubMed ei sisällä kokotekstejä, mutta viitteissä on yleensä linkityksiä kokoteksteihin. Osa niistä on avoimessa PubMed Centralissa ja osa muissa avoimissa julkaisuarkistoissa, mutta osa johtaa maksumuurin taakse. Jos kokoteksti ei aukea kustantajan linkistä, käytä linkityspalvelua (Find it), joka jäljittää, onko artikkeli saatavilla UEFilaisille.

Haun aloitusnäkymässä voit kirjoittaa hakulauseesi hakuruutuun ja käynnistää haun klikkaamalla Search. 

Voit myös siirtyä monikenttähakuun ja hakuhistoriaan klikkaamalla Advanced hakuruudun alapuolella.

Esimerkkihaussa on aiheena ihon palaminen auringossa ja ihosyöpä. Ensiksi haetaan ihon palamista, sitten ihosyöpää. Yhdistämällä hakutulokset saadaan todennäköisesti viitteitä tutkimuksista, jotka käsittelevät ihon palamisen ja ihosyövän yhteyksiä. Haetaan aluksi jokaisella termillä erikseen ja yhdistetään hakutulokset sitten hakuhistorian kautta. Tämän jälkeen hakua on yleensä rajattava.

Kirjoitetaan ensimmäinen hakusana ja klikataan Search tai painetaan Enter.

Moniosaisen hakusanan voi myös laittaa lainausmerkkien sisälle. Se vaikuttaa hakutulokseen. Fraasihaku hakee ko. merkkijonoa tietokannan tietueiden kaikista kentistä. Lainausmerkit siis vaikuttavat tulosten määrään. Ilman lainausmerkkejä PubMed hakee myös linkittyvää asiasanaa (MeSH), jos sellainen löytyy sekä fraasin lisäksi myös hakusanoja ANDilla yhdistettyinä.

Hakuhistoriasta nähdään tehdyt haut yksityiskohtaisesti (Details).

Advanced-hakulomakkeella haun voi kohdistaa vain tiettyyn tai tiettyihin tietokannan tietueiden kenttiin, tässä otsikkoon ja abstraktiin (Title/Abstract).

Haku siirtyy ADD -painikkeella hakuruutuun (Query Box) ja käynnistyy siitä klikkaamalla Search.
 

Voit yhdistää hakujoukkoja hakuhistoriasta klikkaamalla haun numeron kohdalla … (kolme pistettä) ja valitsemalla avautuvasta pikkuvalikosta sopivan operaattorin.

Jos hakulauseessasi on sekä AND-että OR-operaattoreita, voit joutua korjaamaan sulkujen paikkoja käsin.

Haetaan esimerkkihakuun ihosyöpää vielä fraasilla "cancer of the skin".

Sitten muodostetaan hakulause hakuhistorian avulla.

Yhdistetään ensin ORilla. Valitaan ”cancer of the skin” -haun kohdalla Add query.

Valitaan skin cancer -haun kohdalla Add with OR. Nämä hakufraasit ovat siis keskenään vaihtoehtoiset.

Valitaan sitten sunburn*-haun kohdalla Add with AND.

Näin hakuruutuun (Query box) muodostuu hakulause. Klikkaamalla Search haku käynnistyy.

Hakutulosivulla näet viitteiden määrän.

Järjestystä, viitenäkymää ja yhdellä sivulla näkyvien viitteiden määrää voi muuttaa rataskuvakkeesta. Abstract -näkymässä näkyvät kaikki tiedot.

Viitteet ovat oletuksellisesti relevanssijärjestyksessä ja niistä näytetään perustiedot (Summary).

Katkaisumerkkiä eli asteriskia * voi käyttää myös ns. jokerimerkkinä sanan tai fraasin keskellä, kunhan sitä ennen on neljä merkkiä. Sillä voi korvata 0 tai enemmän merkkejä ja niitä voi olla useampia samassa hakutermissä (sana, fraasi).

Kuvassa on hakulause-esimerkki, jolla haun tulosta voisi tarkentaa yleisimpään ihosyöpään eli tyvisolusyöpään laajemman ”skin cancer*” –fraasin sijasta. Kaikki fraasin sanat voi siis katkaista: "basal* cell* carsinoma*" OR "basal* cell* epithelimoma*"

Jos uusia hakutermejä tulee mieleen hakuja tehdessä, on PubMedissa helppo yhdistää niitä aiempiin hakusanoihin hakuhistorian kautta.
 

Viitteiden määrää voi rajata moni tavoin.

Julkaisuvuoden mukaan voi rajata eri tavoilla: liukukytkin, valmiit vuosivälit, oma valinta.

Julkaisutyypin mukaan voi myös rajata. Artikkeli- eli julkaisutyyppejä on paljon.

On myös rajauksia, joilla voi sulkea pois lehtiä, jotka ovat maksumuurin takana. UEFin käyttöön hankitaan kuitenkin paljon tieteellisiä lehtiä, joten ei kannata rajata esim. "Free full text", jos olet UEFilainen.

Muita rajauksia ovat mm. kieli, sukupuoli ja ikä.

Hakutulosten yläpuolella näkyvät tiedot käytetyistä rajauksista.

Oletusviitenäkymässä (Summary) klikkaamalla viitteen otsikkoa päätyy yksittäisen viitteen tietoihin.

Kirjoittajien nimien alla Affiliations -kohdan +expand -linkki näyttää organisaatiotiedot.

PMID on viitteen yksilöivä numero.

DOI on artikkelin pysyvä tunniste.

Kuvakkeista pääsee kokotekstiin, jos se on julkaistu avoimesti tai lehti on tilattu (Find it).

Ketjukuvake antaa pysyvän linkin kopioitavaksi.

Abstraktinäkymässä kaikkien viitteiden lähes kaikki tiedot ovat kerralla näkyvillä. Kokotekstilinkit sekä viittaus- ja jakonapit ovat viitteen lopussa.

Viitetiedoista pääsee myös artikkelin lähteisiin.

Viitetiedoista pääsee myös artikkelin kuviin.

Supplementary info -kohdan +expand –linkki näyttää viitteen asiasanat eli MeSH–sanaston (Medical Subject Headings) termit, joilla artikkelin sisältö on kuvattu.

Hakua voi jatkaa sanaston avulla klikkaamalla haluamaansa termiä ja avautuvasta valikosta edelleen Search in Pubmed.

Viitteitä voi tallentaa viitelistalta eri tavoin. Tässä yhden sivun viitteiden perustiedot. Voit valita myös All results tai Selected, jos olet merkinnyt tietyt viitteet.

Zotero-tallennukseen valitaan joko Send to Citation Manager, joka muodostaa .nbib-tiedoston, jonka voi viedä viitteidenhallintaohjelmaan, tai Create file -valinta, jolloin viitemuodoksi (format) valitaan PubMed, jolloin muodostuu .txt-tiedosto, jonka voi viedä viitteidenhallintaohjelmaan.

Viitteet voi lähettää sähköpostiin vain, jos on kirjautunut. Katso alempaa kohta Oma tili.

Viitteitä voi tallentaa myös pysyvästi omiin  kokoelmiin (Collections).

Se edellyttää kirjautumista omalle My NCBI -tilille.

Kirjautumiseen voi käyttää mm. Google-tiliä, ORCID-tunnusta tai UEF-tunnuksia (kohdasta More login options).

MyNCBI-tilille voi myös tallentaa hakuja ja luoda  hakuvahteja (Create alert).