Euroopan Innovaationeuvoston (EIC) Pathfinder -ohjelman Cardiogenomics-portfolio kokoaa yhteen seitsemän eurooppalaista sydän- ja verisuonitautien tutkimushanketta. Itä-Suomen yliopiston professori Minna Kaikkonen-Määtän koordinoima MIRACLE-hanke on yksi näistä seitsemästä hankkeesta. Portfolion sisäinen yhteistyö ulottuu hankkeiden raportointivelvoitteita pidemmälle. Hankkeet ovat muodostaneet pienempiä teemapohjaisia alaryhmiä, joissa keskitytään yhteisiin tutkimuskysymyksiin ja tavoitteisiin. Portfoliotyön ensimmäisenä tuotoksena on nyt julkaistu ateroskleroosin tutkimusdataan keskittyvä verkkopohjainen data-alusta, AtheroPortal. AtheroPortalin tekninen päävastuu on ollut MIRACLE-hankkeen partnerilla UMC Utrecht -yliopistosairaalalla, jossa hankkeesta vastaa professori Gerard Pasterkamp. UMC Utrecht isännöi myös taustalla olevaa Athero-Express-biopankkiaineistoa.
– AtheroPortal on hieno esimerkki siitä, miten eurooppalainen portfoliotyö ja sen sisällä toimivat alaportfoliot voivat tuottaa tiedeyhteisöä laajasti hyödyttäviä tutkimusinfrastruktuureja, jotka tukevat uusien hoitomuotojen kehittämistä sydän- ja verisuonisairauksiin, sanoo Kaikkonen-Määttä.
Avoimelle lähdekoodille rakentuvan AtheroPortalin ensimmäinen versio tarjoaa tutkijoiden käyttöön UMC Utrechtin Athero-Express-biopankkihankkeessa kerätyistä valtimoplakkinäytteistä koostetut RNA-sekvensointiaineistot ja niihin liittyvää potilasdataa yhteenvetotasolla. – Alusta tuo aineistot helpommin ja nopeammin saataville ja nopeuttaa siten uuden tutkimustiedon tuottamista, sanoo apulaisprofessori Sander van de Laan.
AtheroPortalin tarkoituksena on helpottaa tutkijoiden pääsyä ateroskleroosia eli valtimotautia koskevaan aineistoon ja siten nopeuttaa uusien tautimekanismien, biomarkkereiden ja mahdollisten lääkekehityskohteiden tunnistamista. Alustalle on tarkoitus tuoda myöhemmin saataville myös proteomiikka-, eQTL-, metylaatio- ja geneettistä dataa. Keskusteluja käydään myös datan laajentamisesta muihin biopankkiaineistoihin Saksasta, Suomesta ja Ruotsista.
Tutustu AtheroPortaliin osoitteessa www.atheroportal.nl
Cardiogenomics-porftolion hankkeet käynnistyivät vuoden 2023 lopulla. Tänä keväänä julkaistu raportti summaa tähänastista yhteistä toimintaa.
Tutustu raporttiin: EIC pathfinder portfolio ‘Cardiogenomics’ - Overview of activities carried out in the 2nd year of the portfolio and overview of activities planned for the 3rd year
Lisätietoja:
Professori Minna Kaikkonen-Määttä, https://uefconnect.uef.fi/minna.kaikkonen-maatta/
MIRACLE-hanke https://sites.uef.fi/miracle/
