Hyppää pääsisältöön

Koronavirustilanne Itä-Suomen yliopistossa

Kasvitaudin sairastuttamia mansikanlehtiä

Uudet ja nopeat RPA-menetelmät mansikan Phytopthora-tautien diagnostiikaan

Phytophthora -patogeenien aiheuttamat kasvitaudit ovat kasvava uhka maataloudelle ja luonnon ekosysteemeille. Eri Phytophthora -lajit ovat aiheuttaneet useita katastrofeja, muun muassa perunasadon tuhoutumisen ja nälänhädän Irlannissa 1800-luvun puolivälissä johtaen miljoonan ihmisen kuolemaan.

Uusia katastrofeja ovat tammimetsien heikkeneminen Kaliforniassa ja kaurimetsien tuhoutuminen Uudessa-Seelannissa. Vastaavasti mansikkasato kärsii suuria menetyksiä Phytophthora fragariae ja P. cactorum  -patogeenien aiheuttamien punamätä- ja mansikantyvimätätautien vuoksi. Phytophthoran hävittämiseen tähtäävät hankkeet ovat suurelta osin epäonnistuneet, mutta suurimmat onnistumismahdollisuudet ovat hankkeilla, joilla pyritään ehkäisemään Phytophthoran leviämistä.

MSc Mustafa Munawarin väitöskirjan tarkoituksena oli kehittää menetelmiä mansikan Phytophthora -patogeenien nopeaan havaitsemiseen, jotka auttavat näiden taudinaiheuttajien leviämisen estämisessä. Mustafa käytti tähän tarkoitukseen nopeaa isotermistä nukleiinihappomonistustekniikkaa, joka mahdollistaa DNA:n monistamisen suoraan raakauutteesta, ilman työlästä DNA-uuttovaihetta. Isotermisenä RPA voidaan tehdä paikan päällä, pellon laidalla, kannettavalla laitteella.

Munawarin väitöskirjassa kuvataan kaksi uutta ja nopeaa reaaliaikaista RPA-menetelmää P. cactorum ja P. fragariae -patogeeneille. Molemmat menetelmät ovat hyvin herkkiä ja nopeita, ja niillä pystytään havaitsemaan jopa 10 fg määrän Phytophthoran genomista DNA:ta alle 30 minuutissa. Näiden menetelmien lisäksi väitöskirjassa esitetään myös RPA- ja PCR-tekniikoiden yhdistelmä (RPA-PCR-pari) kasvien tautidiagnostiikan nopeuttamiseksi ja amplifikaatio-inhibiittoreiden estämiseksi. Teknologiayhdistelmällä odotetaan olevan monenlaisia sovelluksia, erityisesti hankalien näytteiden, kuten muinaisnäytteiden, puumaisten kasvien tai ruoan analyyseissä.

FM Mustafa Munawarin väitöskirja Application of recombinase polymerase amplification to diagnosis of Phytophthora diseases of strawberry tarkastetaan luonnontieteiden ja metsätieteiden tiedekunnassa 15.1.2021 Kuopiossa ja verkossa. Vastaväittäjänä toimii apulaisprofessori Timo Hytönen, Helsingin yliopisto, ja kustoksena professori Elina Oksanen, Itä-Suomen yliopisto. Tilaisuuden kieli on englanti.

Tilaisuus verkossa

Väitöskirja verkossa