D-vitamiinin epigenomiikka

Tutkimus

Jo 20 vuoden ajan tutkimuksemme on kohdistunut transkriptiotekijöihin ja niiden ensisijaisiin kohdegeeneihin tuottaen yli 130 alkuperäisjulkaisua. Suurin osa projekteistamme keskittyy tumareseptoreiden suurperheeseen kuuluviin, ligandeilla aktivoituviin transkriptiotekijöihin kuten D-vitamiinireseptori (VDR), peroksisomin proliferaatiossa aktivoituvat reseptorit (PPAR:t), retinoiinihapporeseptorit (RAR:t) ja maksan X-reseptorit (LXR:t). Viimeisten vuosien aikana tutkimus on laajentunut geenisäätelyn verkostoihin ja transkriptiotekijöiden toiminnan systeemibiologiseen lähestymistapaan.

Transkriptiotekijät säätelevät moninaisia solun toimintoja kuten lisääntyminen, erilaistuminen, kehitys, metabolia ja solun/elimistön toiminnallinen tasapaino. Tumareseptorit ovat erityisen lupaavia lääkeainemolekyylien kohteita, koska ne sitovat pieniä, lääkeainekehittelyllä helposti muokattavia molekyylejä (= ligandi). Monet ravinnon rasvaliukoiset molekyylit toimivat ligandeina tumareseptoreille, jotka edelleen säätelevät näitä molekyylejä metaboloivia entsyymejä ja metaboliittien kuljettajia. Tutkimusryhmämme on osa Microgennet-verkostoa, jolla on yhteistyötä 16 yliopistossa ja tutkimuslaitoksessa ympäri maailmaa. Ohjelman tavoitteena on rakentaa, laajentaa ja vahvistaa kestävää yhteistyötä osallistujaryhmien välillä sekä tarjota julkinen portaali ja bioinformatiikan työkaluja tiedon saavuttamiseksi ja sen analysoimiseksi.

Linkkejä

Pääasialliset tutkimuskohteet

  • Genominlaajuinen tumareseptorien kohdegeenien tunnistaminen
  • Regulatoristen snippien (SNP) tunnistaminen
  • Geenien ilmentymisen säätely 3D-ympäristössä
  • Solujen erilaistumisen ja tulehdusvasteiden geeniverkostot

Opetus

Professori Carsten Carlbergin antama maisteri- ja jatko-opintotasoinen opetus:

Rahoittajat

Suomen Akatemia, Sigrid Juséliuksen säätiö, European Commission Cordis, NordForsk

Yhteistyötahot

Moray Campbell (The Ohio State University, Columbus, USA)

Chris Evelo and Susan Coort (University of Maastricht, The Netherlands)

James C. Fleet (Purdue University, West Lafayette, USA)

Sami Heikkinen (University of Eastern Finland, Finland)

Karl-Heinz Herzig (University of Oulu, Finland)

Ferdinand Molnár (Nazarbayev University, Nur Sultan, Kazakhstan)

Miguel Maestro (University of Santiago de Compostela, Spain)

Antonio Neme (Universidad Nacional Autónoma de México, Sierra Papacal, Mexico)

Patsie Polly (University of Southwest Australia, Sydney, Australia)

Sabine Seuter (Goethe University, Frankfurt, Germany)

Stine M. Ulven and Kirsten Bjørklund Holven (University of Oslo, Norway)

Eunike Velleuer (Heinrich Heine University, Düsseldorf & Children’s Hospital Neuwerk, Mönchengladbach, Germany

Jyrki Virtanen and Tomi-Pekka Tuomainen (University of Eastern Finland, Finland)

Julkaisut