Yhteiskuntatieteiden laitoksella toimii neljä maisteriohjelmaa:

• An International Master’s Degree Programme in Cultural Diversity (Joensuun kampus, ei oteta uusia opiskelijoita)
• Border Crossings: Global and Local Societies in Transition – A Master's Degree Programme in the Social Sciences (Joensuun kampus, yhdessä historia- ja maantieteiden laitoksen kanssa, ensimmäiset opiskelijat valitaan 2012)
• Koulutussosiologian ja -politiikan maisteriohjelma yhteistyössä Helsingin, Jyväskylän ja Turun yliopistojen kanssa (Joensuun kampus)
• Master’s Degree Programme in International Social Work (Kuopion kampus, ei oteta uusia opiskelijoita)