Kielikeskuksen toiminnan laatu perustuu erityisalojen kieltenopetuksen käytännölliseen ja teoreettiseen tuntemiseen, aktiiviseen verkostoyhteistyöhön sekä yhteistoiminnalliseen toimintatapaan.

Kielikeskus sitoutuu Itä-Suomen yliopiston laatuajatteluun. Koko laitoksen toiminnan laadusta vastaa sen johtaja. Varajohtaja on laitoksen laatuvastaava ja kuuluu yliopiston laatuvastaavien verkostoon. Itä-Suomen yliopiston kielikeskuksen toiminnan vakiinnuttamisen aikana laatujärjestelmää rakentaa laitoksen kehittämis- ja laaturyhmä, jossa on jäseniä molemmilta pääkampuksilta sekä opiskelijoiden edustaja. Koko henkilökunta osallistuu laatujärjestelmän rakentamiseen ja laadun varmistamiseen ja kehittämiseen henkilökuntakokouksissa, yhteistapaamisissa ja kehittämispäivillä sekä käytännön työssä työ- ja alaryhmien jäseninä.

Itä-suomen yliopiston kielikeskuksen laatukäsikirjan ensimmäinen versio on hyväksytty 27.9.2010. Laatukäsikirjassa kuvataan laitoksen toimintaperiaatteet ja keskeiset toiminnot.