Takaisin

Kesäkoulusta työkaluja biolääketieteen data-analyysiin

Kansainvälistä koneoppimisen ja bioinformatiikan kesäkoulua Kuopion kampuksella ehdittiin tuskin mainostaa, kun paikat jo täyttyivät. – Tällaiselle osaamiselle on biolääketieteen tutkimuksessa valtavasti kysyntää, mutta koulutusta on niukasti tarjolla, yliopistotutkija Jussi Paananen toteaa.

Käynnissä olevaan kesäkouluun osallistuu yli sata maisteri- ja tohtorivaiheen opiskelijaa ja tutkijaa. Kahden viikon aikana ohjelmassa on huippuluennoitsijoiden katsauksia ajankohtaiseen tutkimukseen, mutta myös käytännön harjoituksia ja tuntumaa monitieteiseen tiimityöhön. – Opiskelijat pääsevät käyttämään erilaisia bioinformatiikan ja data-analytiikan ohjelmistoja, menetelmiä ja työkaluja ja analysoimaan esimerkiksi geneettisiä, aivokuva- ja syöpäaineistoja.

Yliopisto-opettaja Neil Dawson (vas.) Lancasterin yliopistosta, akatemiatutkija Merja Heinäniemi Itä-Suomen yliopistosta ja professori Peter Kharchenko Harvardin yliopistosta kuuluvat kesäkoulun luennoitsijakaartiin.

– Sekä puhujat että opiskelijat ovat kiitelleet kokonaisuutta, kertoo akatemiatutkija Merja Heinäniemi, jolla on yliopistotutkija Ville Hautamäen kanssa päävastuu järjestelyistä.

Koneoppimisen ja bioinformatiikan kesäkoulu on osa kaikkien aikojen ensimmäistä UEF Summer Schoolia, johon kuuluu kaikkiaan 11 kurssikokonaisuutta Kuopiossa ja Joensuussa 8.-19. elokuuta. Ulkomailta tulleille kurssit toimivat samalla näyteikkunana Itä-Suomen yliopiston opetustarjontaan. Ne antavat myös yliopiston omille opiskelijoille lisämahdollisuuden kesällä opiskeluun.

Biolääketieteen yksikön ja tietojenkäsittelytieteen laitoksen järjestämässä koneoppimisen ja bioinformatiikan kesäkoulussa on luennoitsijoita ja opettajia myös useista ulkomaisista yhteistyöyliopistoista Harvardia myöten. Monipuolisen kurssipaketin mahdollistaa molekulaarisen lääketieteen tohtoriohjelman, Suomen Kulttuurirahaston ja EU:n rahoittaman SynaNet-verkoston tuki.

Tatiana Morais (edessä vas.), Cátia Domingos ja Ana Catarina Farinha pääsivät SynaNetin tuella täydentämään osaamistaan.

SynaNet on EU:n Horisontti 2020 -ohjelman hanke, johon osallistuvat Lissabonin ja Lancasterin yliopistot, Rooman La Sapienza -yliopisto ja useat neurotieteiden tutkimusryhmät Itä-Suomen yliopistosta. Yhteisenä kiinnostuksen kohteena ovat hermosoluyhteyksien häiriöt neurologisissa ja psykiatrisissa sairauksissa ja tavoitteena on lisätä monitieteistä tutkimusyhteistyötä, tiedonsiirtoa ja tutkijoiden liikkuvuutta partnerien kesken.

Ana Catarina Farinha, Tatiana Morais ja Cátia Domingos Lissabonin yliopistosta kuuluvat 25 opiskelijan joukkoon, jolle SynaNet kustantaa osallistumisen kesäkouluun kaikkine kuluineen. – Mahtava tilaisuus, Domingos kiteyttää.

Kolmikosta Morais suorittaa vielä maisteriopintojaan, Farinha tekee väitöskirjaa neuropsykiatristen häiriöiden mallintamisesta ja Domingos astrosyyttisolujen roolista hermoliitoksen toiminnassa.

– Kaikki neurotieteisiin liittyvät luennot kiinnostavat, samoin uudet tekniikat, joille voi olla myöhemmin käyttää omassa tutkimuksessa. Ehkä saamme vähän verkostoiduttuakin täällä, Farinha sanoo.

SynaNet-yhteistyön puitteissa Kuopioon on saapunut myös yliopisto-opettaja Neil Dawson Lancasterin yliopistosta. Hän luennoi kesäkoulussa graafiteoriasta, joka tarjoaa uusia keinoja hermoverkkojen tarkasteluun.

– Kesäkoulun ohjelma on hyvällä tavalla poikkitieteellinen, opiskelijoille sekä haastava että kehittävä. Kotiin viemisiksi kertyy uusia kokemuksia ja taitoja ja entistä laajempi ymmärrys alasta, Dawson arvioi.

Koneoppimista ja bioinformatiikkaa

  • Bioinformatiikka on monitieteinen tutkimusala, joka kehittää ja käyttää erilaisia matematiikan, tietojenkäsittelytieteen sekä tilastotieteen menetelmiä biologisten ongelmien ratkaisuun.
  • Koneoppiminen on tekoälyn osa-alue jossa tietokonealgoritmit oppivat olemassa olevasta datasta, ja pystyvät tämän perusteella luokittelemaan, ennustamaan ja tulkitsemaan uutta dataa.

Koneoppimisen ja bioinformatiikan kesäkoulun osallistujat edustavat toistakymmentä kansallisuutta.

Teksti ja kuvat: Ulla Kaltiala